Дубоссары считаются одним из старейших поселений Приднестровья, а первое упоминание города, возможно, восходит к XIV веку, хотя точная дата основания остаётся неизвестной. В разное время город входил в состав Великого княжества Литовского, Польши и Крымского ханства, прежде чем стал частью Российской империи по Ясскому мирному договору 1791 года. Штаб-квартира выдающегося русского полководца Г.А. Потёмкина располагалась здесь во время русско-турецких войн, а А.В. Суворов и П.И. Панин неоднократно бывали здесь с визитами.
К началу XX века Дубоссары выросли в одно из самых населённых поселений Приднестровья. Советская эпоха принесла дальнейшее развитие: Дубоссарская гидроэлектростанция — первая на Днестре — была завершена в 1955 году, крупная швейная фабрика была основана в 1970-е годы, а винзавод «Букет Молдавии» получил всесоюзное признание. В 1980-е годы город достиг пика своей известности как курортное направление в рамках МССР.
В 1991–1992 годах Дубоссары оказались в эпицентре вооружённого конфликта на территории Молдовы, а мужество и героизм его жителей заслужили городу почётное звание «Город воинской славы». Сегодня в городе и районе проживает около 31 000 человек.